Es berichtet von der Entstehung der Kohle vor 300 Millionen Jahren bis zum heutigen Strukturwandel zur Metropole Ruhr. Der Museumsparcours folgt dabei dem ehemaligen Weg der Kohle über drei Ebenen. Er beginnt mit den Mythen, Phänomen und Strukturen der Gegenwart, gefolgt vom vorindustriellen Gedächtnis und endet nach der Geschichte des dramatischen Industrialisierungsprozesses wieder in der Gegenwart der Metropole Ruhr.

Das Ruhr Museum verfügt über umfangreiche Sammlungen zur Geologie, Archäologie, Geschichte und Fotografie, die im Wesentlichen auf den Sammlungen des ehemaligen Ruhrlandmuseums der Stadt Essen beruhen. Sie werden insbesondere mit regionalem Bezug ständig vermehrt und thematisch erweitert. Neben der Dauerausstellung zur Natur, Kultur und Geschichte des Ruhrgebietes zeigt das Ruhr Museum regelmäßig Sonderausstellungen, auch zu Themen, die sich nicht auf das Ruhrgebiet beziehen. Teil der Dauerausstellung ist zum einen ein Raum „Preußen“. An zwei der bedeutenden Städten des Ruhrgebiets werden die Kontinuitäten aus dieser Zeit vorgestellt: Wesel und Hamm. Beide Kommunen stützen ihre Traditionen auf die preußische Herrschaft. Wesel war die Festungsstadt im Westen, Hamm die Verwaltungsresidenz. Zum zweiten kommt an vielen Stellen im Bereich „Geschichte“ das Thema Preußen zum Tragen.